南极仙翁住在昆仑山玉虚宫,随侍元始天尊。白鹤童子长期跟在他身边,玉虚宫向各洞门人传召法旨时,师徒二人常在宫门内外往来。
姜子牙奉命离开昆仑时,申公豹在麒麟崖拦住他,又以飞头之术夸示道行。申公豹将头飞入半空,南极仙翁察觉异状,便命白鹤童子化作仙鹤飞去衔头。
白鹤将申公豹首级衔向南海,申公豹无头之身留在崖上,连声求告。姜子牙替他说情,南极仙翁才命白鹤将头送回,又告诫申公豹不得再阻封神之事。
十绝阵摆下后,红沙阵主张绍以三斗红沙困住武王、哪吒与雷震子。三人在阵中受了百日之灾,元始天尊留下南极仙翁破阵,其余众仙则各自返回道场。
百日期满,南极仙翁带白鹤童子来到红沙阵前。张绍骑鹿出阵,持剑来攻,南极仙翁与他交手数合,随后追入阵中。
张绍站上高台,将红沙成把泼下。南极仙翁打开五火七翎扇,一扇之下,红沙便离开身前;张绍又将整斗红沙泼来,仍被连扇数次吹得无影无踪。
张绍转身欲逃,白鹤童子祭起三宝玉如意,正中他的后心,又持剑将他杀死阵内。南极仙翁发雷震开阵中三穴,哪吒与雷震子先后醒来,武王却已气绝。
雷震子将武王背出红沙阵,燃灯取丹药化水灌入口中。两个时辰后,武王重新睁眼,南极仙翁与白鹤童子便离开阵前。
殷郊用番天印阻挡西岐时,周营需要数面仙旗合围。南极仙翁奉玉虚法旨来到瑶池,俯伏金阶向西王母陈明殷郊背师、阻周的经过,求借聚仙旗。
瑶池宫门开后,四对仙女捧旗而出,将西王母敕借的旗帜交给他。南极仙翁携旗回到西岐,交予燃灯等人布置,随后先行返回昆仑。
封神战事将近结束时,南极仙翁仍往来玉虚宫,替元始天尊传递召集门人的法旨。他未死于商周战场,也没有在姜子牙的封神榜上受封。
后来的庙观、绘画与民间讲述常将南极仙翁与额高、鹤发、持杖的寿星合在一处。《封神演义》中的南极仙翁主要随侍玉虚宫、破红沙阵与奉命借旗;鹿、仙桃与寿老形象多是后来讲述添入。