鲲鹏化形之后,游历洪荒,闻鸿钧道祖于紫霄宫开坛讲道,遂动身前往,欲列席听法,以求道行精进。
鲲鹏抵达紫霄宫时,殿前六个蒲团已有三清、女娲、红云与鲲鹏先后坐定,其余听道者列于后方,静候鸿钧开讲。
接引、准提自西方赶至时,六席已满。红云见二人远道而来,起身让出自己的蒲团,准提又借机指斥鲲鹏披毛戴角,不应居于前列。
元始等人也开口相逼,鲲鹏孤立无援,只得离开蒲团。接引随即坐下,鲲鹏退入后列继续听道,自此将失位之怨记在红云与西方二人身上。
常见讲述称,鲲鹏因此事记恨于红云与接引、准提,此后屡屡在洪荒各处与红云一系有所摩擦,然各本文字详略不一,具体恩怨经过并无统一说法。
讲道散场后,鲲鹏离开紫霄宫,返回洪荒大地,其时帝俊与东皇太一正自太阳星中孕育而出,欲聚拢万妖另立一族。
帝俊、太一建立妖族天庭之际,鲲鹏以其修为与资历,被天庭尊为妖师,专掌统率训导万妖之事,居于天庭之中一处宫室,是为妖师宫。
鲲鹏坐镇妖师宫,日常督导新附群妖修习变化之术、演练阵列步伐,凡妖族征伐调度,多经他之手先行统筹,再上呈帝俊、太一定夺。
天庭初立那些年,鲲鹏往来巡视四方妖族驻地,安抚新附部众,处置部族之间的争执,妖师宫渐渐成为天庭之中仅次于帝俊、太一居所的要地。
十二祖巫屡屡侵扰天庭边境,鲲鹏奉命率妖师宫麾下精锐屯守要冲,几番与巫族小股兵马交手,互有胜负,边境之地一度反复易手。
巫妖大战全面爆发后,鲲鹏随帝俊、东皇太一进入周天星斗大阵,统领麾下妖将居于阵中一翼,抵御巫族十二都天神煞大阵的猛攻。
鏖战之中,鲲鹏数次率部突入巫族阵前,与祖巫麾下战将缠斗,几次险些被困阵中,皆凭其鱼鸟双形之能脱身而出。
帝俊、东皇太一先后于阵中陨落,周天星斗大阵随之崩散。鲲鹏见战局已不可挽回,脱离阵位,向北冥方向遁走。
许多洪荒小说写鲲鹏撤退时带走河图、洛书,后来又由女娲或其他大能取回,交给转世后的伏羲推演八卦;也有版本把书图写作直接散落人间,其去向并无统一说法。
巫妖大战结束后,鲲鹏不再重建天庭旧制,率残余部众一路南行,最终退居北冥深处,恢复其巨鲲本相,潜伏于北冥深水之中。
此后洪荒之中再少见鲲鹏现身,妖师宫旧址渐渐荒废,唯有北冥水域偶有巨物游动的传闻,被后世讲述者附会为鲲鹏犹在。